Miejski Zespół Szkół nr 5 mieści się w obszernym budynku szkolnym przy ulicy Krakowskiej w Gorlicach. Historia tej szkoły zaczyna się jednak w całkiem innym miejscu. Powstanie jej wiąże się bowiem ściśle z historią samego miasta po II wojnie światowej. Gorlice są miejscowością leżącą na południowym wschodzie Polski, liczącą obecnie ponad 30 tys. mieszkańców. Początkowo,po II wojnie światowej, zamieszkiwało ją jedynie kilka tysięcy ludzi i rozwijała się bardzo powoli. Dopiero w latach 70-tych Gorlice zaczęły rozwijać się bardzo dynamicznie pod względem gospodarczym, co z kolei wywołało znaczny napływ do miasta ludności z okolicznych wiosek. Zaczęły powstawać nowe osiedla mieszkaniowe. Jednym z nich było duże osiedle wybudowane przy ul. Krakowskiej i Słonecznej.
Wraz ze zwiększeniem liczby mieszkańców wzrastały również potrzeby oświatowe. Dlatego też jednym z nowych elementów, które pojawiły się w krajobrazie miasta, były nowe budynki szkolne.
Historia naszej szkoły wpisuje się w ten proces bardzo ściśle. W roku szkolnym 1946/47 na drugim piętrze jedenastoletniej szkoły miejskiej powstało Liceum Pedagogiczne. W roku 1950 przeniesiono je z gmachu gimnazjum do budynku, znajdującego się w zachodniej części miasta, nad Stróżowianką.
Po przeniesieniu liceum w tym samym budynku zorganizowano Szkołę Ćwiczeń. Była to szkoła, w której przyszli nauczyciele przygotowywali się do wykonywania swojego zawodu. Ten nowy ośrodek edukacyjny nazywany był potocznie „czerwoną szkołą”, ponieważ była to pierwsza świecka placówka oświatowa w mieście. Poziom nauczania w Szkole Ćwiczeń był bardzo wysoki, więc mieszkańcy miasta chętnie zapisywali do niej swoje dzieci. Uczniowie zdawali z sukcesem egzamin y do szkół średnich. Pierwszym kierownikiem Szkoły Ćwiczeń został Władysław Bryniarski, a pierwszymi nauczycielami byli między innymi K. Przyłęcka, J. Karpiński, St. Dobosz, A. Bryniarska, St. Kwaśny, J. Marciszewski, F. Wańkowska, M. Gunia, Z. Paździora, M. Szewczyk.
Po niedługim czasie nowym kierownikiem szkoły została wspomniana wcześniej Kunegunda Przyłęcka. W następnych latach w szkole tej zostali zatrudnieni kolejni, świetnie przygotowani pod względem zawodowym nauczyciele. Posiadali oni pełne wykształcenie metodyczne, co było zjawiskiem rzadkim w tamtych czasach. Lekcje były prowadzone na bardzo wysokim poziomie, a niektórzy z nauczycieli zostali instruktorami w Powiatowym Ośrodku Metodycznym przy Wydziale Oświaty w Gorlicach.
Prowadzono również lekcje otwarte dla nauczycieli z innych szkół z miasta i powiatu. Po pomoc metodyczną przybywali tu także zdający egzaminy kwalifikacyjne studenci Studiów Nauczycielskich i Wyższych Szkół Pedagogicznych z Krakowa i Rzeszowa. Nauczyciele Szkoły Ćwiczeń przygotowywali konferencje rejonowe, zjazdy oświatowe, akademie powiatowe z różnych okazji, pokazowe zbiórki harcerskie.
W roku szkolnym 1968/69 w wyniku kolejnej zmiany w systemie kształcenia nauczycieli zlikwidowano licea pedagogiczne i zastąpiono je studiami nauczycielskimi wyższymi szkołami nauczycielskimi, dlatego Szkoła Ćwiczeń straciła swą rację bytu.
W budynku Liceum Pedagogicznego i Szkoły Ćwiczeń zorganizowano Technikum i Zasadniczą Szkołę Budowlaną, a samą Szkołę Ćwiczeń w roku szkolnym 1969/70 przemianowano na Szkołę Podstawową nr 5. Warunki jej funkcjonowania nie były łatwe ze względu na charakter pracy mieszczących się w tym samym budynku szkół średnich i wkrótce władze miasta podjęły decyzję o wzniesieniu nowego budynku na potrzeby Szkoły Podstawowej nr 5 przy ulicy Krakowskiej, obok powstającego osiedla mieszkaniowego. Prawie gotowy budynek został przekazany szkole przed rozpoczęciem roku szkolnego 1974/75. Podczas tamtych wakacji nauczyciele i uczniowie przenosili sprzęt szkolny i wszystkie pomoce dydaktyczne do nowej siedziby.
1 września 1974 r. po raz pierwszy około 800 dzieci rozpoczęło naukę w nowym budynku szkolnym. Zaczęli tu uczęszczać nie tylko uczniowie z osiedla przy ul. Krakowskiej i Słonecznej, ale również dzieci z innych rejonów miasta. Nowy budynek stanowił dobrą bazę dla szybko rozwijającej się szkoły podstawowej zwanej „Piątką”. Dzięki rzetelnej pracy nauczycieli systematycznie rósł autorytet szkoły w nowym środowisku. W kolejnych latach liczba uczniów wzrosła do ponad tysiąca.
Kolejna reforma oświaty przeprowadzona w latach 70-tych wprowadziła podział dzieci na grupy wiekowe, z którymi pracowano na podstawie planów, opracowywanych na dany rok szkolny. Dużą wagę .przywiązywano do spraw wychowawczych. Co tydzień odbywały się w grupach wiekowych apele, na których omawiano postępy w nauce i zachowaniu. Praca ta została zauważona przez Kuratorium Oświaty, które zezwoliło na powołanie klas o poszerzonym programie wychowania fizycznego o profilu koszykarskim.
Kolejnym sukcesem szkoły było uzyskanie w roku szk. 1976/77 I miejsca za pracę dydaktyczno – wychowawczą w rankingu szkół województwa nowosądeckiego.
W czasie przełomu lat 1980-1989 nauczyciele aktywnie uczestniczyli w wydarzeniach, jakie miały miejsce w całym kraju. Większość pracowników szkoły zapisała się do NSZZ” Solidarność”. Na wiosnę 1981 r. wzięli oni aktywny udział w strajku generalnym, jaki został ogłoszony po wydarzeniach bydgoskich. Szkołą została oflagowana. Nauczyciele nosili biało-czerwone opaski na rękawach, ale uczniowie przez czas pobytu w szkole byli pod stałą opieką pedagogów, co świadczy o ich wielkiej odpowiedzialności.
W związku z wdrożeniem reformy systemu oświaty w 1999 r. uchwałą Rady Miasta na bazie Szkoły Podstawowej nr 5 i w jej budynku powołano dwie nowe placówki oświatowe: 6-letnią szkołę podstawową i 3-letnie gimnazjum, które później zostały połączone w zespół szkół. Ich praca rozpoczęła się 1 września 1999r. Nauczyciele solidnie przygotowali się na tę zmianę, uczestnicząc w serii kursów i szkoleń. Trzeba było zmienić planowanie pracy dydaktycznej, sposoby jej realizacji, a także metody pracy z uczniami.
Kolejne lata sukcesów szkoły pokazały, że zadania te nauczyciele wykonali bardzo dobrze.
Bardzo ważnym wydarzeniem stało się podjęcie przez Radę Miasta w dniu 25 maja 2006 r. uchwały o nadaniu Miejskiemu Zespołowi Szkół nr 5 imienia księdza Jana Twardowskiego.
Wydarzenie to jest doniosłym momentem, który nie tylko kończy, ale również otwiera nowy piękny rozdział bogatej tradycji naszej szkoły.